现如今，自动化仪器都是非常普遍的，也是大多数实验室都会使用的，这些自动化仪器的使用，当然也会提高整个实验室的工作效率，对于使用固相萃取装置的实验室来讲，如果想要提高工作效率，那么自动的想必是最好的，也是能够让他们有更好地精密度。当然自动的装置，对于操作人员也没有过多的要求，只要是能够满足操作，或者是了解整个流程，那么就能够很好地将进行试验。
固相萃取装置在操作的时候，它是需要对于固相萃取柱进行预处理的，在萃取样品之前必须经过适当的预处理。为了更好地活化，使得目标萃取物能够和表面更加紧密的接触，这样的话，分子间相互作用更加的容易一些，另外就是除去液柱中可能存在的杂质，这样的话在工作中就能够减少污染。一般的情况下都会使用一定剂量的溶剂冲洗萃取柱，另外就是开始正常的将样品。倒入活化后的液体中，然后利用加压抽真空或者是离心的方法，使得样品进入吸附剂内。最后的步骤就是洗干扰装置。收集分析最后的记过，自动固相萃取装置仪的使用是非常便利的，也是大多数现如今是实验室都会使用的。
在使用这些仪器的时候，一定要保证这些物质不能够随意的交叉感染，因为可能会导致整个仪器受到破坏。另外，定期的维护保养工作也是必不可少的，无论是使用固相萃取装置，还是使用顶空进样器，这些都是现如今实验室必备的，也是必须要注意的。因为无论是每天的保养工作，还是每一个，一个季度的，这些维护保养都是至关重要的。