我国现行的《事业单位会计准则（试行）》中，关于基建投资活动的会计处理不执行《事业单位会计制度》，而是按照《国有建设单位会计制度》进行会计核算。另一方面，要求经费账中要设立自筹基建科目，用来核算事业单位在财政补助资金之外，由于建设工程的资金活动的相关核算，如此便形成了经费账和基建账两套账的核算模式。
我国对于各级财政资金存在着多种的拨付渠道，用于建设项目的资金可以直接拨入事业单位的基建账户，也可以通过单位的经费账作为中转，再划拨入基建账户。不论哪一种方式，款项拨入时都记入其收入科目，这使得在年底决算确认收入时，经费账中的拨入款项和基建账中拨入的收入款项经常会重复计量，造成会计信息的失线、资产不完整
建设工程从本质上说是单位占有和使用的经济资源，也属于单位的资产范围。而按照原有的核算办法，建设项目从立项到交付使用过程一般较长，期间所形成的资产难以准确归集到固定资产中，在报表中无法完整地反映单位资产状况，资产严重账实不符。
现行准则的要求使得事业单位出现了两个会计主体、两套账，同时还要做两套会计报表，这就使得每一套会计报表都只能反映出事业单位所有的经济活动中的一部分，这与会计中关于“财务报表要真实的完整的反映出单位的经济活动”的要求相。另一方面，现行《准则》 “基建投资表”也应作为单位会计报表的一部分，而实际操作中则很难实现。
事业单位开展建设项目过程中，财政资金拨付往往不够及时，从而造成单位的资金短缺，单位在结算工程款时由于资金拮据往往采取向金融机构借款然后分期的形式，这就使得事业单位形成一部分债务核算管理，而两套账的核算形式往往会造成债务核算的混乱。
当事业单位的基建工程完工之后，之前计入“在建工程”科目的工程支出，需要由“在建工程”的贷方转入“基建支出”科目的借方。与此同时，增记“固定资产”和“固定基金”科目。
此外，关于基建支出，还可以增设“待摊投资”与“待核销基建支出”科目。其中，“待摊投资”科目主要用于对勘察设计费、借款利息、土地征用及迁移补偿费、应付代建单位的代建费等待摊投资的发生和分配情况进行核算与记录。“待摊投资”借方，用于对基建工程发生的待摊投资的各项支出进行核算与记录；工程完工时，基建支出的待摊投资分摊计入该科目贷方。期末，倘若该科目出现余额，则反映应由在建工程负担的尚未分摊的待摊投资支出。该科目根据投资种类设置明细科目，进行明细核算。“待核销基建支出”科目，主要用于对基建过程中发生的无法形成资产的投资性支出（比如，航道清淤、江河清障、水土保持、飞播造林、城市绿化、取消项目可行性研究费等）进行核算与记录，支出发生时，计入该科目借方。该科目所记录的基建支出于项目完工之后，经由统计财政部门批准审核，可对相应的资金来源予以冲销，冲销时，计入该科目贷方。余额反映尚未核销的基建支出。
基建支出会计核算的改变，也会对收入类科目产生一定影响。对此，笔者认为，可以在“拨入专款”科目下，设置与基建支出相关的“拨入基建款”明细科目。主要对上级单位、财政部门或者由其他部门、单位拨入的基建专款进行相关核算与记录。会计期末，倘若基建工程已完工，则可经由“拨入专款拨入基建款”科目的贷方直接转入“基建结余”科目。会计期末，“拨入专款”的“拨入基建款”科目的余额表示拨入基建款中的尚未完工工程所占用的部分。
支出类科目也会随基建支出核算的改变而发生一定变化，可以将其原有的“结转自筹基建”科目改为“基建支出”科目，主要用于对会计期内完工的基建工程所耗费的全部建设支出进行核算与记录。基建工程项目完工时，原本计入“在建工程”和“待摊投资”科目的支出数额，可以通过上述两科目的贷方转入本科目借方。会计期末，该科目贷方余额要转入“基建结余”或者“转出投资”科目。
同样，在净资产类科目也应增设“基建结余”科目，主要用于对基建资金收支相抵后的余额进行核算与记录。会计期末，如果该科目余额为贷方，表示上级部门或者财政部门等对事业单位基建工程所拨付的款项出现了结余；若科目余额为借方，则表示事业单位所好基建工程支出中，所含有得自筹部分数额。会计期末，事业单位“基建结余”的贷方余额需要转入“事业基金一般基金” 或“专用基金修购基金”科目。
打破事业单位基建账与经费账两套账模式，是我国当前财政预算体制不断深化的要求。不仅如此，其也是我国事业单位财务不断改变的一种客观需要。通过完善《事业单位会计准则》，将基建账纳入经费账按照事业单位会计制度进行账务处理，符合会计核算资本化原则和权责发生制的要求，不仅有助于完善事业单位会计科目与财务报告体系，同时，经费账与基建账的并轨核算，也为事业单位进一步实现长期、有序、健康的发展打下了的财务基础。
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