2、未对建设项目单独建账。按“每个基本建设项目都必须单独建账、单独核算”，有的建设单位对所实施的建设项目没有单独建账，也未按《国有建设单位会计制度》设置基本建设会计账簿，大多是在本单位经费账簿中统一核算，资金的拨付仅通过“拨入经费”和“暂付款”科目来反映，很难分清项目的资金来源状况，如果负责实施的建设项目较多，更无法对每个项目的成本进行核算和管理。
4、会计部门与工程管理部门脱节。会计部门对工程情况不了解，对项目资金来源及应支付款项情况不清，核算不完整。特别是有些建设项目资金来源渠道多，既有国债资金、中央专项基金、省级配套资金又有本市财政拨款和单位自筹等地方配套资金，有些资金没有拨付到建设单位而是直接把资金拨付到施工单位，或以其他方式（如投工投劳）作为投资的，相关部门又没有给建设单位履行拨款手续或提供投资资料，建设单位就无法取得入账的原始凭证，无法进行账务处理。因此造成项目归集核算的建设成本不完整，对项目总投资核算不清。
5、建设单位管理费支出不规范。按照基本建设单位会计核算的要求，对建设单位管理费应实行“总额控制，据实列支”，有些单位的此项费用超预算较多，挤占了建设成本，有的单位违反建设单位管理费的使用，按计提金额列支管理费用，虚增了建设成本。
6、未及时办理竣工决算及资产交付使用手续。有的项目虽已办理竣工验收，但由于账务核算不规范或未对项目总投资进行完整核算，未按结转项目成本，导致不能及时办理竣工决算及交付使用资产的相关手续，形成的资产账上未完整、有效的反映，时间久了无帐可查，易造成国有资产的流失。
1、对基本建设会计核算重要性缺乏认识。建设单位相关人员对《基本建设财务管理》、《国有建设单位会计制度》等法规学习、重视不够，单位领导注重抓项目、抓建设、抓速度，忽视内部财务管理，会计人员仅局限于资金拨付及记账工作，对建设项目资金构成情况、项目总投资情况和签订的相关合同不了解，导致成本核算不清。
2、建设单位和相关单位缺少沟通。由于资金多渠道拨付，建设单位对直接拨付到施工单位的资金，或以投工投劳等方式的投资，认为没有经过本单位的帐，也无依据入账，这部分投资理应不由本单位核算，造成会计核算建设成本不完整，计量支付等制度执行不严格。
1、重视建设项目会计核算工作。单位领导不仅要重视争取建设项目，更要注重建设项目的财务管理工作。在项目前期就应从财务的角度进行可行性研究分析，工程开工以后严格施工合同变更程序，避免人为因素造成虚增支出。按照
“同一个建设项目，不论其建设资金来源性质，原则上必须在同一账户核算和管理”等基本建设制度，专户存储建设资金，单独设置基建账，规范核算程序和核算办法，正确使用会计科目，正确归集建设成本，及时准确地提供财务报告。
3、完善竣工决算、资产交付使用相关制度。建立起严格的决算审计及决算批复程序，项目完工后建设单位应及时结转项目成本，办理工程的竣工财务决算。对形成的固定资产要及时办理交付使用资产的登记手续，对需向国有资产管理部门移交的资产，应及时向国有资产管理部门进行移交，使建成项目有账可查，有机构管理，以防止国有资产流失。
4、加强财务监督检查力度。相关部门应加强建设单位的财务监督、检查工作，事前、事中和事后监督结合，检查《基本建设财务管理》、《国有建设单位会计制度》是否执行，检查建设资金的使用及建设项目的成本核算情况，及时发现存在问题，促进财务管理水平和资金使用效益的提高。
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