行政单位应当在按国家有关单独核算基本建设投资的同时，将基建账相关数据并入单位按照新制度设置的会计账（以下简称“大账”）。新制度设置了“在建工程”科目。行政单位应当在“在建工程”科目下设置“基建工程”明细科目，核算由基建账并入的在建工程成本。
（1）按照基建账中“现金”、“银行存款”、“零余额账户用款额度”、“财政应返还额度”科目借方余额，分别借记“大账”中“库存现金”、“银行存款”、“零余额账户用款额度”、“财政应返还额度”科目。
（2）按照基建账中“应收有偿调出器材及工程款”、“应收票据”科目借方余额，借记“大账”中“应收账款”科目。
（3）按照基建账中“其他应收款”、“拨付所属投资借款”、“有价证券”科目借方余额，借记“大账”中“其他应收款”科目。
（6）按照基建账中“建筑安装工程投资”、“设备投资”、“待摊投资”、“其他投资”、“器材采购”、“采购保管费”、“库存设备”、“库存材料”、“材料成本差异”、“委托加工器材”、“预付备料款”、“预付工程款”科目借方余额，借记“大账”中“在建工程——基建工程”科目。
（7）按照基建账中“固定资产清理”、“待处理财产损失”科目借方余额，借记“大账”中“待处理财产损溢”科目。
（8）按照基建账中“应交基建包干节余”、“应交基建收入”、“其他应交款”科目贷方余额中属于应交财政部分，贷记“大账”中“应缴财政款”科目；其余部分贷记“大账”中“其他应付款”科目。
（10）按照基建账中“应付工资”、“应付福利费”科目贷方余额，贷记“大账”中“应付职工薪酬”科目。
（11）按照基建账中“应付器材款”、“应付有偿调入器材及工程款”、“应付票据”科目贷方余额，以及“应付工程款”科目贷方余额中属于1年以内（含1年）的部分，贷记“大账”中“应付账款”科目。
（13）按照基建账中“基建投资借款”、“上级拨入投资借款”、“其他借款”科目贷方余额和“应付工程款”科目贷方余额中属于超过1年的部分，贷记“大账”中“长期应付款”科目。
（14）按照基建账中“应付器材款”、“应付工程款”、“应付有偿调入器材及工程款”、“应付票据”、“基建投资借款”、“其他借款”、“上级拨入投资借款”科目贷方余额减去尚未使用的借款金额（实行贷转存办法）后的差额，借记“大账”中“待偿债净资产”科目。
（15）按照基建账中“固定资产”科目借方余额和“累计折旧”科目贷方余额的差额，贷记“大账”中“资产基金——固定资产”科目。
（16）按照基建账中“建筑安装工程投资”、“设备投资”、“待摊投资”、“其他投资”、“器材采购”、“采购保管费”、“库存设备”、“库存材料”、“材料成本差异”、“委托加工器材”、“预付备料款”、“预付工程款”科目借方余额，贷记“大账”中“资产基金——在建工程”科目。
（17）按照基建账中“基建拨款”、“留成收入”科目余额中归属于同级财政拨款结转的部分，贷记“大账”中“财政拨款结转”科目。
（18）按照基建账中“留成收入”科目余额中归属于同级财政拨款结余的部分，贷记“大账”中“财政拨款结余”科目。
按照上述（1）—（18）中“大账”科目的借方合计金额减去贷方合计金额后的差额，贷记或借记“大账”中“其他资金结转结余”科目。
（二）行政单位执行新制度后，应当至少按月将基建账中相关科目的发生额按照以下方法并入“大账”。
根据“大账”科目和基建账科目的对应关系（见附2），按照基建账中相关科目本期发生额的借方净额，借记“大账”中的对应科目；按照基建账中相关科目本期发生额的贷方净额，贷记“大账”中的对应科目。
对于当期发生基本建设结余资金交回业务的，根据基建账中“基建拨款”科目本期借方发生额中归属于同级财政拨款的部分，借记“大账”中“财政拨款结转”或“财政拨款结余”科目；其余部分，借记“大账”中“其他资金结转结余”科目。
按照基建账中“基建拨款”科目本期贷方发生额中归属于同级财政拨款的部分，贷记“大账”中“财政拨款收入”科目；其余部分，贷记“大账”中“其他收入”科目。
根据新制度的支出确认原则，对基建账中相关科目本期发生额进行分析计算，按照计算出的数额，借记“大账”中“经费支出”科目。
行政单位如有从“大账”中“经费支出”科目列支转入基建账的资金，还应当在并账后将已列支金额部分予以冲销，借记“其他收入”科目，贷记“经费支出”科目。如果行政单位已在“大账”中核算基建资金收支的，不再按照本进行基建资金收支的并账处理。
第一步：在基建账上抵销需要核销的投资。将“待核销基建支出”与其对应的资金来源基建拨款等相互冲销。
第二步：并账过程抵销单位账与基建账往来款项。可参照企业合并报表的方法，先核对清理单位账与基建账有关“其他应收款”和“其他应付款”科目的金额，属于单位账与基建账内部往来的事项，进行数据分析，然后编制内部抵销分录进行调整，防止虚增往来账款项。
首次并账日（2013年或2014年1月1日）在单位账上新设“在建工程——基建工程（基建并账）”科目，其他基建账上有的要直接转入单位账的会计科目如“库存现金” 、“银行存款”、“零余额账户款额度”等，均在科目下设（基建并账）标志或明细科目，以示区别。
一是基建账资金占用类中哪些科目余额应并入单位账“在建工程——基建工程（基建并账）”。一般基建账中“建筑安装工程投资”、“设备投资”、“待摊投资”、“其他投资”以及“预付工程款”等借方余额，并入单位账“在建工程—基建工程（基建并账）”借方。
二是基建账资金来源类中的基建拨款要分析其来源分别结转。属于同级财政补助结转部分转入单位账“财政补助结转（基建并账）”、属于同级财政补助结余部分转入单位账“财政补助结余（基建并账）”，属于非同级财政补助结转部分转入单位账“非财政补助结转（基建并账）”科目；
三是基建账资金来源类中的基建投资借款要分析其期限及本金利息分别结转。借款期限一年或一年以上，本金分别转入事业单位账“短期借款（基建并账）”或“长期借款（基建并账）”，利息（不分期限）则转入单位账“其他应付款（基建并账）”；行政单位账不设借款类科目，基建借款本息按照期限分别转入“其他应付款（基建并账）”、“长期应付款（基建并账）”；
四是单位账中“非流动资产基金——固定资产、在建工程（基建并账）”的金额如何确定。因收付实现制下行政事业单位固定资产构建支出时即全额反映事业单位的“事业支出”等（行政单位为“经费支出”等），固定资产构建支出（已付款部分）相应在事业单位账净资产设置 “非流动资产基金—固定资产、在建工程”（行政单位账设“资产基金—固定资产、在建工程”）科目反映。因此，基建并账中并入单位账“固定资产（基金并账）”与“在建工程—基建工程（基建并账）”的金额含有已付款与未付款部分，在并入单位账“非流动资产基金—固定资产、在建工程（基建并账）”时应把“固定资产（基金并账）”与“在建工程—基建工程（基建并账）”的金额减去未付款部分即基建账中的“应付工程款”、“其他应付款”等贷方余额，调整后，单位账中“非流动资产基金—固定资产、在建工程（基建并账）”反映的是基建中已形成的固定资产或构建中的固定资产已付款的金额。
除以上四个难点外，基建账其他科目直接转入单位账相应会计科目（基建并账）。结转后单位账（基建并账）科目的借方合计与贷方合计存在差额的，记入单位账“事业基金（基建并账）”科目借方或贷方，总调整后，并入单位账的会计科目借贷相等。
将基建账当月发生的经济业务进行分类。主要包括：预付工程款、结算工程款、其他工程支出、工程交付使用、基建借款及基建利息处理六大类业务，根据基建账中相关科目的发生额，在单位账中按照事业单位会计制度或行政单位会计制度等新会计制度对基建相关业务进行会计处理。
1、预付工程款业务。按照基建账中本期预付的基建工程款金额借记单位账“在建工程-基建工程（基建并账）”。
（1）按照基建账中“建筑安装工程投资”等科目本期借方增加额（一般为根据工程价款结算账单确认的金额）减去已经预付的工程款金额后的金额借记单位账“在建工程-基建工程（基建并账）”。
（2）按照基建账中本期实际支付的应付工程款金额贷记单位账“非流动资产基金—在建工程 （基建并账）”。
3、其他工程支出业务。按照基建账中“设备投资”、“待摊投资”、“其他投资”等基建投资科目本期借方增加额（包括因预计借款利息增加的金额）借记单位账“在建工程-基建工程（基建并账）”。
4、工程交付使用业务。按照基建账中“交付使用资产”科目的本期借方增加额借记单位账“固定资产（基建并账）”。
5、基建借款业务。按照基建账中本期增加或的的基建借款本金贷记或借记单位账“长期借款/短期借款（基建并账）”。
（2）按照基建账中本期实际的借款利息贷记单位账 “非流动资产基金—在建工程 （基建并账）”。
除以上6种主要经济业务或事项外，若有发生其他经济业务或事项，其基建并账的处理根据上述原理进行。
财政部新修订发布的《事业单位会计制度》，要求事业单位对于基建投资，在按照基建会计核算单独建账、单独核算的同时，将基建账相关数据至少按月并入单位会计“大账”。这对提高事业单位会计信息的完整性，为事业单位全面加强资产负债管理、防范和降低财务风险发挥了会计信息的支撑作用。
新制度对“根据基建账中相关科目的发生额按月并账”的具体账务处理未作，在《新旧事业单位会计制度有关衔接问题的处理》中，也只对2012年12月31日基建账中相关科目余额并账业务作了具体说明，并且强调，事业单位执行新制度后，应当至少按月根据基建账相关科目发生额，在“大账”中执照新制度对基建相关业务进务会计处理（《事业单位会计制度2012》第159页）。
例如：X学校（已实行国库集中支付）实验综合楼工程项目，是发改部门集中安排的建设项目。2013年1月份，发生了以下会计业务：
1.根据X施工企业工程合同、财政财务竣工决算批复、税务、支付申请、支付证明等资料，应支付工程进度款100万元，单位通过财政直接支付90万元，欠付工程款10万元。
2.（1）收到X社会团体捐赠30万元，转入学校基建专户，指定用于购置实验设备，结余资金留单位使用；
3.收到教委划转到财政代管资金的以前年度专项资金20万元（不纳入本年决算，属财政补助结转），用于实验楼建设。
（1）根据“建筑安装工程投资”、“设备投资”、“待摊投资”“预付工程款”等科目本月发生额，借记大账中“在建工程”—基建工程1（基建账并入）科目；
（4）根据基建账中“建筑安装工程投资”、“设备投资”、“待摊投资”“预付工程款”、“交付使用资产”等科目本月发生额，贷记大账中“非流动资产基金”科目的相关明细科目；
（5）根据基建账中“基建拨款”科目本月发生额，贷记大账中“财政补助收入—项目支出”，如果是不列决算的列“财政补助结转—项目支出”。
“建筑安装工程投资+设备投资+待摊投资+预付工程款”本月发生额=100+0+5+20=125 “交付使用资产-固定资产”本月发生额=28“银行存款”本月发生额=30-28+20-5=17“基建拨款-本年预算拨款”本月发生额=90+20=110“基建拨款-本年其他拨款-捐赠”本月发生额=30“基建拨款-本年其他拨款-上级补助”本月发生额=20“应付工程款-X施工企业”本月发生额=102.并“大账”账务处理。
借：事业支出—项目支出—财政补助支出—支出功能分类—基本建设支出—房屋建筑物构建—实验综合楼120
事业支出—项目支出—非财政补助专项支出—支出功能—基本建设支出—房屋建筑物构建—实验综合楼5
其他支出—项目支出—非财政补助专项支出—支出功能—实验综合楼—基本建设支出—专用设备购置28