由于有可以控制的参数，可以大部分实验仪器的效率都可以控制，小到蒸发器、大到色谱仪，只要参数选择合适就能发挥仪器的高效率、高灵敏度来。在调节参数的时候需要注意，要么参考已被验证过的实验方案进行，要么自己通过小实验分析获得结论。如果直接用大量待测样品试验则可能会造成浪费试剂甚至毁坏仪器的后果。
影响全自动固相萃取仪分离效率的因素有四个：第一，吸附剂的选择非常重要。根据吸附剂与待测样品中某些组分的相互作用可以对它进行分类，除了常见的物力吸附外还有离子交换吸附、抗体键合吸附等，选择合适的吸附剂有利于提高实验效率。第二，洗脱液的选择同样重要。选择可以洗脱目标物质且用量较少的洗脱液，如果可以选择，尽量选择无毒无害的试剂。第三，洗脱速度。速度快分离快，但分离效果不一定好，有可能较大的流速和压力会冲走吸附剂污染样品。第四，样品PH值，有容易结晶或者解离的成分，就需要通过调节PH来控制它们，由此确保分离实验高效进行。
制备液相色谱仪虽然也用来处理样品，且原理也是色谱分离，但影响其分离效果的因素与上述仪器略有不同。主要原因在于它的固定相，其选择性不强可以固定样品中大部分组分，而不是有选择地固定目标物质。影响它效率的因素主要在于流动相，种类和速度都直接决定分离效果。当然色谱柱的填充方式和尺寸也会影响柱效，理论上柱子填充物密度越高、柱子越长分离效果越好，但没有限度地增加柱长会使分离时间延长、效率降低，因此选择合适的搭配方法可以有效提高分离效率。