这条街兴建于明代，是一条不足三百米的小巷，北边是将军庙街，南边是泉城，东边挨着鞭指巷，西边靠着太平寺街。为什么叫高都司巷？因为这里曾经住着一位姓高的都司，他的房子据说在西9号院。
都司，在明朝的时候，可是一个非常高的。它的全称叫做都指挥使司，掌管一省的军事，类比现在的省军区。从明太祖时期，山东的都指挥使司就设在青州，一直到了明宪时期，都指挥使司才迁到了济南，办公地址选在这条街的东边。话说都指挥使司造的可谓宏伟非常，门前高悬着巨匾,“宣威”两字,左右是高耸入云的牌坊。
不过到清代雍正年间,都司被裁掉。但是人们仍然将都司署门口的这条街道,称作“都司门口”,在以后的历史变迁中,渐渐演化成为了高都司巷。
雍正年间,都司被裁撤,在都司署的旧址上,建立了赫赫有名的泺源书院,也就是山东大学的前身。
清朝初年,清王朝惟恐书院的活动成为南北统一的障碍,“不许别创书院群聚徒党,及号召地方游食无行空谈废业”。待到康熙平定三藩、收复,武功达到极致之后,便着手致力文治,不但解除了对书院的,而且还赐颁御书,鼓励增设书院。清雍正十一年(1733年),山东巡抚岳睿将济南的“白雪书院”定为省会书院,因原址狭小不能容纳更多士子读书,遂迁址于城内明代都指挥使司旧址,并更名为“泺源书院”。泺源书院建院之初,为表重视,雍正还特赐白银千两,以示皇恩浩荡。
泺源书院建成后,历任山东巡抚对此都十分重视,他们动员各府人员为书院捐俸达15000多两,此款的利息成为书院的主要经费来源。泺源书院曾于清乾隆、嘉庆、道光、光绪各朝多次,当年,泺源书院的建筑布局异常规整,红砖地白垩墙的斋舍整齐划一,石铺自讲堂外直达甬道。
作为山东最大的书院,泺源书院的任教者皆是当时学有专长的著名学者,如毕沅、桑调元、沈起元、何绍基、匡源、王之翰、刘耀春、朱学笃、缪荃孙等,他们或是担任书院的山长,或是主讲,书院文风兴盛,一时誉满齐鲁。
到了清末,国势衰退,教育不振。慈禧太后有意“变法”,将各地书院改为学堂。时任山东巡抚的袁世凯闻风而动,迅速将泺源书院改建为山东大学堂,清廷将其章程通行各省仿照举办,成为全国各省兴办大学堂具体、惟一的样板。1901年旧历十月,全国最早的省办大学堂——山东大学堂(现山东大学)正式开学宣告成立。不久,山东大学堂更名为山东高等学堂,并迁址于杆石桥西(现实验中学),泺源书院旧址则改为立第一师范学校,这也开创了国内省级师范教育的先河。
高都司巷紧靠西门繁华地段,在巷南面口上,挤满了小吃摊,包子、炒菜、酱货、炖品等应有尽有。人来人往,十分热闹。繁华的商业,吸引了众多巨贾在这里购房置业,催生了高都司巷金融业的繁荣。
据史料记载,高都司巷北首1号院曾经是关帝庙的遗址。关帝,被尊称为“武财神”,据说关公生前善于理财,长于会计业务,曾设笔记法,发明日清簿,这种计算方法设有原、收、出、存四项,非常详明清楚,后世商人关公有会计专才,所以奉为商业神,尤其被钱庄票号所推崇。高都司巷钱庄众多,关帝庙香火十分旺盛。
在高都司巷众多钱庄中,以清嘉庆二十二年,济南钱业领军人物刘丙寅建立的福德会馆和济南钱业公所,最为著名。该馆位于高都司巷西19号院,房子有三十余间,占地约两千多平。会馆的主要负责人称为“值年”,负责会馆的一切事务。按照会馆,银号的开办并不需要登记注册,由知情人介绍便可到会馆进行交易。当时,济南有名的三和恒、庆泰昌、协聚泰、通、恒等银号每天上午来此进行兑换、存款、放贷等交易,称之为“上关”。会馆根据交易额收取手续费。因而,这里也成为济南最早的金融行业组织和最早的金融交易市场。
1906年,德礼和洋行韩世礼由青岛来济,在高都司巷设立礼和洋行济南分行,这是历史上外商在济南设立的第一所洋行。礼和洋行是汉堡轮船公司、克虏伯炼钢厂、蔡司光学器材厂以及美国古特立汽车轮胎等的代理商,以进口重型机械、精密仪器、铁和采矿设备以及军火闻名。1931年至1937年,国民曾通过礼和洋行经手,从订购巨额军火。
但是,这一切,都随着2002年的一声巨响,永远消失在历史的长河中。而高都司巷之所以面临拆除，是因为全球最大的连锁零售商美国“沃尔玛”宣布将携其中国合作伙伴大连万达集团，斥巨资在高都司巷南端兴建一座50000平米的特大型商场。高都司巷的拆除，曾引起了济南乃至全国的巨大争论。一位当年曾参与到城建、文物等部门联合召开有关拆迁高都司巷协调会的人士介绍，专家提出的曾一度得到认可。然而，当年负责拆迁的济南市房地产开发拆迁管理办公室则表示，沃尔玛商业购物中心项目已经由规划管理部门批准(济规管地字(2001)第166号)，并且早在2002年3月8日就下发了“拆迁冻结通知”，因此高都司巷一定要进行拆除。